भारत पर कई आतंकी हमलों के बाद दानियाल को भारत, यूरोप, अमेरिका और मध्य पूर्व में बैठे मास्टरमाइंड्स को पकड़ने का काम सौंपा जाता है। जैसे-जैसे वह एक-एक करके आतंकवादियों को मारता जाता है, उसे पता चलता है कि उसे इस मिशन की एक भारी कीमत चुकानी पड़ी।
मिशन मजनू 1971 में सेट है, जब भारत-पाकिस्तान युद्ध के दौरान एक रॉ एजेंट पाकिस्तान में घुसता है ताकि वह यह साबित कर सके कि पाकिस्तान परमाणु हथियार बनाने में शामिल है। उसे सफल होने के लिए अपने देश को सतर्क करना होगा और गलत जगह पर हमले को रोकना होगा।
इस फिल्म में गुंडे एक महिला को छेड़ रहे होते हैं, जिसे बचाने के लिए एक व्यक्ति आता है और उसकी गुंडों से हाथापाई में मौत हो जाती है। बाद में उस महिला के पास एक कॉल आता है जिसमें उसे आदमी की मौत का बदला लेने के लिए मदद ऑफर की जाती है, बशर्ते वह एक सीक्रेट खुफिया एजेंसी में शामिल होने के लिए सहमत हो जाए।
यह फिल्म 1971 में सेट है, जब भारत और पाकिस्तान के बीच युद्ध का माहौल था। "राज़ी" हरिंदर सिक्का के उपन्यास "कॉलिंग सहमत" पर आधारित एक सच्ची कहानी है। यह कहानी 20 साल की कश्मीरी लड़की के बारे में है।
1971 के भारत-पाकिस्तान युद्ध से पहले, पाकिस्तान और चीन के खतरे से देश की रक्षा करने के लिए बहुत कम समय था। ऐसे में, IB एजेंट देव जामवाल देश को बचाने के लिए एक 10 दिन के मिशन पर 30 एजेंट्स की एक टीम को लीड करते हैं। यह फिल्म एक देशभक्ति जासूसी थ्रिलर है जो एक सच्ची कहानी पर आधारित है।
ड्यूटी के प्रति ईमानदार पुलिस अधिकारी ACP यशवर्धन, रॉ एजेंट कमलजीत कौर के साथ मिलकर एक ऐसे अंदरूनी मुखबिर का पर्दाफाश करते हैं, जो रॉ एजेंट्स को निशाना बनाने वाली एक विदेशी एजेंसी को संवेदनशील जानकारी लीक करता है।
इस फिल्म में, विक्रम नाम का एक भारतीय खुफिया एजेंट एक सीक्रेट मिशन पर श्रीलंका जाता है। वहां वह एक गृहयुद्ध और भारत के पूर्व प्रधानमंत्री की हत्या की साजिश में फंस जाता है।